Il nome Peschici è di origine slave, letteralmente significa "suolo sabbioso" e la città venne fondata dagli Schiavoni sopra le rovine di un casale distrutto.
Nell’anno 1154 causa il sistema feudale dei normanni, passò sotto il potere di Lesina e successivamente diventò feudo di Monte Sant’Angelo, che fu regalato da Guglielmo II, detto Il Buono, alla moglie Giovanna d’Inghilterra.
Sotto il dominio Svevo, la città trascorse anni drammatici e davvero duri, caratterizzati dai litigi tra l’Impero ed il Papato.
Nel 1274 passata sotto gli Angioini, la città di Peschici partecipa a diverse campagne, tra le quali l'assedio di Almissa, una piccola città della costa Dalmata e nel 1401 il potere del feudò passo tra le mani del re Ladislao di Durazzo.
Dopo l’avvento della guerra franco-spagnola, scoppiata per il possesso del Regno di Napoli e le scorrerie dei Turchi, tra l’anno 1554 e il 1567 la città di Vieste e le Isole Tremiti furono prima attaccate e poi assediate completamente e tutto questo portò negli anni successivi a costruire tante torri di avvistamento sul territorio del Gargano, come ad esempio Monte Pucci e Calalunga presenti a Peschici.
Anni importanti per la città furono tra il 1860 eil 1940, grazie alla costruzione della ferrovia, della Strada Circum Garganica e la creazione dello storico acquedotto Pugliese.